В составе Восточно-Сибирской транспортной прокуратуры образована Байкальская транспортная прокуратура с дислокацией в г. Северобайкальске.
Байкальская транспортная прокуратура начала свою деятельность с 20 мая 2011 года.
К ведению Байкальской транспортной прокуратуры относятся вопросы прокурорского надзора за исполнением законов, соблюдением прав и свобод человека и гражданина на территории Республики Бурятия в сфере деятельности железнодорожного, воздушного и внутреннего водного транспорта, в таможенной сфере. Компетенция Байкальской транспортной прокуратуры распространяется на объекты: железнодорожного транспорта от станции Дельбичинда до станции Хани Восточно-Сибирской железной дороги; ОАО «Аэропорты местных воздушных линий»: аэропорты в Таксимо и Нижнеангарске; пристань Нижнеангарск ОАО «Восточно-Сибирское речное пароходство»; Северобайкальский таможенный пост Бурятской таможни.
Прокуратура осуществляет надзор за оперативно-розыскной и процессуальной деятельностью органов внутренних дел на транспорте от станции Дельбичинда до станции Хани, а также за расследованием преступлений следователями Следственного комитета РФ в пределах данной территории.
