Контрразведка внесла немалый вклад в обеспечение безопасности личности, общества и государства. С учетом реалий оперативной обстановки ее усилия были направлены на добывание сведений о возможных предпосылках возникновения угроз госбезопасности, выявление и пресечение разведывательной и иной деятельности спецслужб и неправительственных организаций иностранных государств; установление и привлечение к уголовной ответственности лиц, нарушивших государственную границу, обеспечение сохранности сведений, составляющих гостайну, а также пресечение компьютерных преступлений. По всем основным направлениям контрразведывательной деятельности получены конкретные результаты.
2009 год
Совместно с УФСБ России по Сибирскому военном округу и отделом ФСБ России по 33-й ракетной армии пресечена шпионская деятельность иностранного гражданина, осуществлявшего сбор сведений военного характера и предпринимавшего попытки организовать канал приобретения и вывоза в одну из азиатских стран секретных изделий, используемых в боевых ракетных комплексах, а также документации и запасных частей к авиаоборудованию. Иностранец был взят с поличным при попытке приобретения секретных документации и комплектующих. Данное лицо выдворено за пределы России с бессрочным закрытием въезда.
Во взаимодействии с органами военной контрразведки пресечена шпионская деятельность иностранного гражданина, связанная с визуальной разведкой за ходом военных учений, выявлением видов вооружений, используемых на военных самолетах СУ-24, и наблюдением за деятельностью, вооружением, личным составом 2-го гвардейского бомбардировочного полка 21-й Смешанной авиадивизии ВВС Минобороны РФ. Иностранец осуществлял наблюдение за ходом учений, с места его проживания изъяты технические средства – бинокль и телескоп. Ему аннулирован вид на жительство и сокращен срок пребывания в России.
2010 год
Пресечена противоправная деятельность гражданина США по сбору информации в интересах иностранных спецслужб и организаций. По прибытии в г. Улан-Удэ иностранец под легендой научного сотрудника Института социальных наук Университета Колорадо активно выезжал в районы республики в целях анкетирования местного населения по вопросам межнациональных и межрелигиозных отношений. В результате совместно проведенных с УФМС мероприятий противоправная деятельность иностранца пресечена, его въезд на территорию РФ закрыт.
По подозрению в незаконном пересечении государственной границы России из Монголии с целью уклонения от уголовного преследования монгольскими правоохранительными органами за незаконный ввоз дорогостоящих автомобилей задержаны двое граждан РФ. Один из них являлся членом организованной преступной группы г. Иркутска, которая специализировалась на кражах и угонах дорогих машин. Против задержанных на территории Монголии контрабандистов были возбуждены уголовные дела по факту незаконного ввоза автомобилей. Желая уклониться от уголовной ответственности, они незаконно пересекли госграницу России и Монголии.
В 2009–2011 годы активизировались процессы нелегальной миграции выходцев из стран Центрально-Азиатского региона, в том числе связанные с их оседанием на территории республики по поддельным документам. Только на основании материалов отдела контрразведки, переданных по подследственности в МВД по РБ, возбуждено более 50 уголовных дел, связанных с использованием гражданами Киргизии и Узбекистана поддельных паспортов и миграционных карт для регистрации в РФ и получения российского гражданства в упрощенном порядке. Материалы Управления ФСБ по Бурятии о выявленных угрозах безопасности России в миграционной сфере легли в основу ужесточения правовых норм, регулирующих порядок пребывания граждан Киргизии в РФ.
Наряду с контрразведывательной и правоохранной деятельностью немалую роль в обеспечении безопасности страны играет организация партнерских отношений с иностранными спецслужбами других государств на основании имеющихся двусторонних договоров о сотрудничестве.
В 2010 года УФСБ России по РБ провело межрегиональное совещание с Главным разведывательным управлением Монголии, в котором, помимо представителей центральных аппаратов обеих спецслужб, присутствовали руководители приграничных подразделений. По итогам совещания принят меморандум о совместной деятельности в сферах борьбы с международным терроризмом, трансграничной преступностью и розыска лиц, скрывающихся от правоохранительных органов на территориях сопредельных государств.